Das System besitzt 2 Datenbanken zur Verarbeitung der Informationen. Die Datenbank der Workflow-Engine stellt die Business-Logik bereit und dokumentiert die Meta-Daten der Prozesse. Die eXSignio Datenbank wird zur Bereitstellung von Stammdaten und Ergebnissen, Auswertungen benutzt.

Die Applikation verarbeitet manuelle Tastatureingaben genauso wie Daten von Fachapplikationen von LIMS, ERP, etc. und stellt zu diesen Systemen auch Daten bereit. Externen Stellen ohne Systemzugriff können trotzdem in den Prozess durch die aus- und eingehende Bearbeitung von e-Mails eingebunden werden.